Bölüm öğretim üyeleri, başta ulusal ve uluslararası araştırma enstitüleri olmak üzere farklı kurumlar ile destek, danışmanlık veya işbirliği anlaşmaları çerçevesinde çeşitli araştırma-geliştirme projelerinde yer almıştır ve almaktadır. Bu kurumlardan başlıca örnekler olarak Dokuz Eylül Üniversitesi, TÜBİTAK, İZKA, İzmir Büyükşehir Belediyesi ESHOT Genel Müdürlüğü, Universidad de Jaén (İspanya), NASA bağlantılı GeoCosmo Bilim ve Araştırma Merkezi (GeoCosmo Science Research Center) ve Azerbaycan Ulusal Bilimler Akademisi Kontrol Sistemleri Enstitüsü (Institute of Control Systems) sayılabilir.

Yukarıda bahsi geçen uygulamalı bilimsel araştırma projeler kapsamında veya dışında, öğretim üyeleri ve lisansüstü öğrencilerimiz kendi uzmanlık ve alanlarındaki önemli uluslararası ve ulusal hakemli yayınlar ve konferans / sempozyum gibi etkinliklerde aktif olarak bilimsel çalışmalarına devam etmektedir. Bu çalışmaların çoğu başta Rektörlük ve Fakülte yönetimi olmak üzere, Dokuz Eylül Üniversitesi tarafından resmen ve finansal olarak teşvik edilmekte ve desteklenmektedir.

Dokuz Eylül Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü bünyesinde açılan Bilgisayar Bilimleri Yüksek Lisans Programı, eğitim faaliyetlerine ilk olarak 2014-2015 Öğretim Yılı Güz döneminde öğrenci kabul ederek başlamıştır. 2017 yılında ilk mezunlarını vermiş olan programda, halihazırda kayıtlı öğrencilerimiz ders ve tez çalışmalarına devam etmektedir.

Bilgisayar Bilimleri Doktora Programı, Üniversitenin Fen Bilimleri Enstitüsü bünyesinde 2019-2020 öğretim yılında %100 İngilizce eğitime başlamıştır.